Кактус пересажен пару месяцев назад. При пересадке конец корня был оторван. Еще возможно сильно глубоко был посажен в грунт. На данный момент появились пятна. Достал осмотреть корни - вроде гнили не замечено. Корни возле места отрыва выглядят новыми и свежими.
Предположу ещё, что это может быть солнечный ожог, как вариант (правда, интересно, что ожог точечный, а не сплошной). А с корнями действительно всё нормально, они тут ни при чём.
Вот так выглядит солнечный ожог у лофофор (по дурости прижёг немного пару своих растений):